Granted Patent B2

US 9,353,415 · App. 12/520,441 · Granted May 31, 2016

Abstract

Claims (289)

1. A method for categorizing a breast cancer tissue sample, said method comprising:

a) providing an article of manufacture, said article comprising oligonucleotides for measuring gene expression of genes in the following descriptor groups:

(1) PSMD3, TCAP, ERBB2, THRAP4, GRB7, CRK7, GSDML, LENEP, PPARBP;

(2) DNALI1, XBP1, AR, FOXA1;

(3) GATA3, TFF3, ACADSB, ESR1, CAl2;

(4) KRT17, SERPINB5, KRT5, GABRP, ANXA8, TRIM29, S100A2;

(5) KRT18, KRT8, PPP2CA, KRT8L2;

(6) COL11A1, WNT2, MMP14, PLAU, PLAUR;

(7) FN1, THY1, BAPX1, COL5A2;

(8) PSMB9, STAT1, PDCD1LG2, GBP1, CXCL10, UBE2L6, TAP1, LAP3; and

(9) CEACAM3, CEACAM5, CEACAM6, CEACAM7,

said oligonucleotides comprising primer pairs suitable for reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) of the genes in the descriptor groups, wherein the primer pairs comprise primers having the sequences of SEQ ID NOs:1-100;

b) measuring expression of genes of the descriptor groups in the tissue sample using the primer pairs to carry out an RT-PCR amplification of the genes;

c) assigning a positive or negative status for each of the descriptor groups based on whether a majority of genes in a group are overexpressed in the sample; and

d) categorizing the breast cancer tissue sample based on a combination of the positive and/or negative statuses so determined,

wherein SEQ ID NOs:1-100 are:

Gene

Sense Primer

Antisense Primer

PSMD3

TGTGATCACACACTCCCGTT

TGGACCTGTCTTCCTCTACA

(SEQ ID NO: 1)

(SEQ ID NO: 2)

TCAP

GATCATGGCTACCTCAGAGC

CTGGGAGCTGTTGCTCTCTG

(SEQ ID NO: 3)

(SEQ ID NO: 4)

ERBB2

ACCGCGCCCAGAGTCCTT

CAGCAGAATGCCAACCACCG

AGTGAT

(SEQ ID NO: 5)

(SEQ ID NO: 6)

GRB7

GGAGAAAAAAAACAGAA

TTAACGGAACCAGTTGTGTG

AGAGC

(SEQ ID NO: 7)

(SEQ ID NO: 8)

THRAP4

TCACAAAGGGAGCCACGAGG

TCTAGCGGCTTCCAGTTCCC

(SEQ ID NO: 9)

(SEQ ID NO: 10)

CRK7

CTAGACACCACTCCTGGCTG

GTGCTTGCCTGTATTCCTGG

(SEQ ID NO: 11)

(SEQ ID NO: 12)

GSDML

TTAACATGCACAACCTGCCA

TCTCTATCCTGCTGGAGCTG

(SEQ ID NO: 13)

(SEQ ID NO: 14)

LENEP

CTTCCTCGGAACTGTTGCCC

ACCTGAGCGATGCCAGCCAT

(SEQ ID NO: 15)

(SEQ ID NO: 16)

PPARBP

CCTCCACAGAGAGGTAA

GGGGGAGGGAAGATTATTTT

CTCCTAA

(SEQ ID NO: 17)

(SEQ ID NO: 18)

DNALI1

AGTGCTGGAATTACAGG

TCCTGACCTCATGTGATCCA

CTTGTAA

(SEQ ID NO: 19)

(SEQ ID NO: 20)

XBP1

GCATTGTACCTTTTAATTGC

GACATGGAATTTATGAATGG

(SEQ ID NO: 21)

(SEQ ID NO: 22)

FOXA1

AAAGTCCTTAACTGCAAATG

CAGTGTTATGCACTTTCCAC

(SEQ ID NO: 23)

(SEQ ID NO: 24)

AR

TTTTCTCTAAAGTTCCCTTC

CCTGTCTCTTAGAAGGAAAA

(SEQ ID NO: 25)

(SEQ ID NO: 26)

ESR1

AGTTGGCCCAATATAAT

CCTGCAGACAAGGGTTATTA

TTTGC

(SEQ ID NO: 27)

(SEQ ID NO: 28)

CA12

GCAGAGGCTGCTTTTGTGAC

GGATGTCCACAGCTCAGAGT

(SEQ ID NO: 29)

(SEQ ID NO: 30)

GATA3

GGCGCCGTCTTGATACTTTC

CCCCTAGAAAACCTCCAAAA

(SEQ ID NO: 31)

(SEQ ID NO: 32)

TFF3

TCAGGCACGAAGAACTGTCC

GGGTGGAGAGAGACTGCTCA

(SEQ ID NO: 33)

(SEQ ID NO: 34)

ACADSB

GGTGTCAGTGCACTAAAGGC

CAGGGAAGAATGGAGAAAGA

(SEQ ID NO: 35)

(SEQ ID NO: 36)

ANXA8

TCACTTCACCTTGAAGCCTC

AGGAACCCTGCATTTTGAAT

(SEQ ID NO: 37)

(SEQ ID NO: 38)

SERPINB5

ATATTTTCTGGGGTAGA

TGGAAGACTTCAACTCTATG

TAGTC

(SEQ ID NO: 39)

(SEQ ID NO: 40)

TRIM29

GACAGACCAATGGTTTATTC

ACACTTTGGCATTCTCTCTG

(SEQ ID NO: 41)

(SEQ ID NO: 42)

S100A2

GACAAAATAAAAGTCAGC

GCCTTTGAGTTTTGTATTCA

AACC

(SEQ ID NO: 43)

(SEQ ID NO: 44)

KRT17

CTCCCCAGATGGGTTATT

GACAGCTTTTGGATGAGCAA

TGATT

(SEQ ID NO: 45)

(SEQ ID NO: 46)

KRT5

TTGAAGCTCTTCCGGGAGGA

TGGCAGTGGCAGTGGCTATG

(SEQ ID NO: 47)

(SEQ ID NO: 48)

GABRP

AAATCAACTACAAGATCCAG

GGGACTTAAGAACTGATCTG

(SEQ ID NO: 49)

(SEQ ID NO: 50)

KRT18

TGTCTCTTCTCCAACTGTAG

TACTTGTCTAGCTCCTCTCG

(SEQ ID NO: 51)

(SEQ ID NO: 52)

KRT8L2

TTCAGCAGCCACCCCTACAC

GGTCTGTGAAGGAGGCAAAC

(SEQ ID NO: 53)

(SEQ ID NO: 54)

KRT8

CTGGGACACCCACCTGCATA

GAGATCGCCACCTACAGGAA

(SEQ ID NO: 55)

(SEQ ID NO: 56)

PPP2CA

TCGGGTGAATGTACATAAGA

GCAGTTTCTGGTTATGAATA

(SEQ ID NO: 57)

(SEQ ID NO: 58)

COL11A1

GTGGACCAGAGTAGTCA

GCACATCCTATGAGTATTGA

CTTAA

(SEQ ID NO: 59)

(SEQ ID NO: 60)

PLAU

GAGCCCAGAGAGGAGAGAGA

TCCCCTGGTGCTGATCAGAG

(SEQ ID NO: 61)

(SEQ ID NO: 62)

PLAUR

CCCGGATTGACGCCATTCTC

AGGCTCCTGGAATCAGGGGT

(SEQ ID NO: 63)

(SEQ ID NO: 64)

WNT2

GAGATAGGAATTTTATT

ATGGTGTGTTGTATCTTTGT

CTCCC

(SEQ ID NO: 65)

(SEQ ID NO: 66)

MMP14

CAGACCCCAGTTCGCCG

AAGCTGCTGCTTTGGGCCGA

ACTAA

(SEQ ID NO: 67)

(SEQ ID NO: 68)

FN1

CCTGTTGTATATGAGATGCA

GGTAAGAATCATCTGCATCT

(SEQ ID NO: 69)

(SEQ ID NO: 70)

BAPX1

GAAAAAATACAGCGAAT

AATGTGAATATCCCTGGCCA

AGAGC

(SEQ ID NO: 71)

(SEQ ID NO: 72)

COL5A2

CGGAATAATAATAAAACATT

CCTGCATGGAAAAAGGAA

GGGGC

AATAGT

(SEQ ID NO: 73)

(SEQ ID NO: 74)

THY1

AGATTCCAGAGGCTTGGTTT

TTCTAAGGGAGGCACTTCCT

(SEQ ID NO: 75)

(SEQ ID NO: 76)

PSMB9

TTGCAGTGAGCCCAAGATTG

CAGCTGAACCAGAGAGTGCA

(SEQ ID NO: 77)

(SEQ ID NO: 78)

STAT1

GGACAGTCCTTTTAATGCCT

GATCTAGGGGTGATCTTGGG

(SEQ ID NO: 79)

(SEQ ID NO: 80)

PDCD1LG2

CTGGCAATAATGTATAT

CCACAAAAAAACAACTT

TTATGGGG

GGTGATG

(SEQ ID NO: 81)

(SEQ ID NO: 82)

GBP1

TGCTATAAGAAACATCAACC

CACATAATGCCAAATACACA

(SEQ ID NO: 83)

(SEQ ID NO: 84)

CXCL10

GTCTTTCTTAATATTTCC

CCAAACACATACAGGAAGGT

AGGAGAG

(SEQ ID NO: 85)

(SEQ ID NO: 86)

UBE2L6

CAGAATTCATCTCTGACTT

GCCACTGATGGGAATATACA

TAATGG

(SEQ ID NO: 87)

(SEQ ID NO: 88)

TAP1

ATAAATATCAAGAACCTA

TTTCTTCTCTCTGTGGTGGA

CAGGGTG

(SEQ ID NO: 89)

(SEQ ID NO: 90)

LAP3

TGCCTCATTTAGGTTGTATT

AATCAAGACTGTGCAAATTC

(SEQ ID NO: 91)

(SEQ ID NO: 92)

CEACAM6

CTCAAGCTCCTCTACAAAGA

GTGACTTTCCTGTTGTGACC

(SEQ ID NO: 93)

(SEQ ID NO: 94)

CEACAM3

CTGGAGCCCAGGCTCTTTTC

CCTCCCTCTTATCAATCCCA

(SEQ ID NO: 95)

(SEQ ID NO: 96)

CEACAM5

CAGAGGGAGGAAGGACAGCA

TCTTCCCTATTCAGGCTCCA

(SEQ ID NO: 97)

(SEQ ID NO: 98)

CEACAM7

GGCTTTTATTTGTGAT

TGAAACATGAGGAAGCAGGT

TCATGAGTC

(SEQ ID NO: 99)

(SEQ ID NO: 100)

Assignments (12)