GENETICALLY ENGINEERED HERBICIDE RESISTANT ALGAE

1 - 278 . (canceled)

279 . An isolated polynucleotide for transformation of an alga, wherein the polynucleotide comprises a nucleic acid sequence encoding a protein that confers herbicide resistance to the alga, wherein the nucleic acid sequences comprises:

(a) a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, or SEQ ID NO:98;

(b) a nucleotide sequence homologous to SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 20. SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:64 SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, or SEQ ID NO:98; or

(c) a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, or SEQ ID NO:98, comprising one or more mutations.

280 . The isolated polynucleotide of claim 279 , wherein the alga is a eukaryotic alga.

281 . The isolated polynucleotide of claim 279 , wherein the alga is a prokaryotic alga.

282 . An isolated polynucleotide for transformation of an alga, wherein the polynucleotide comprises a nucleic acid sequence encoding a protein that confers herbicide resistance to the alga, wherein the protein comprises:

(a) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79. SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:96, or SEQ ID NO:99:

(b) an amino acid sequence homologous to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55. SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83 SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:96, or SEQ ID NO:99; or

(c) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:96, or SEQ ID NO:99; comprising one or more mutations.

283 . The isolated polynucleotide of claim 282 , wherein the alga is a eukaryotic alga.

284 . The isolated polynucleotide of claim 282 , wherein the alga is a prokaryotic alga.

285 . An herbicide resistant alga transformed by a recombinant polynucleotide integrated into a genome of the alga, wherein the polynucleotide comprises:

(a) a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, or SEQ ID NO:98;

(b) a nucleotide sequence homologous to SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, or SEQ ID NO:98; or

(c) a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, or SEQ ID NO:98: comprising one or more mutations.

286 . The alga of claim 285 , wherein the genome is a nuclear genome.

287 . The alga of claim 286 , wherein the recombinant polynucleotide is codon-biased to reflect the codon bias of the nuclear genome.

288 . The alga of claim 285 , wherein the genome is a chloroplast genome.

289 . The alga of claim 288 , wherein the recombinant polynucleotide is codon-biased to reflect the codon bias of the chloroplast genome.

290 . The alga of claim 285 , wherein the alga is prokaryotic.

291 . The alga of claim 285 , wherein the alga is eukaryotic.

292 . An herbicide resistant alga comprising a recombinant polynucleotide integrated into a genome of the alga that encodes for a protein that confers herbicide resistance to the alga, wherein the protein comprises:

(a) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:96, or SEQ ID NO:99;

(b) an amino acid sequence homologous to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:96, or SEQ ID NO:99; or

(c) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 9, SEQ ID N): 11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:96, or SEQ ID NO:99; comprising one or more mutations.

293 . The alga of claim 292 , wherein the genome is a nuclear genome.

294 . The alga of claim 293 , wherein the recombinant polynucleotide is codon-biased to reflect the codon bias of the nuclear genome.

295 . The alga of claim 292 , wherein the genome is a chloroplast genome.

296 . The alga of claim 295 , wherein the recombinant polynucleotide is codon-biased to reflect the codon bias of the chloroplast genome.

297 . The alga of claim 292 , wherein the alga is prokaryotic.

298 . The alga of claim 292 , wherein the alga is eukaryotic.

299 . A glyphosate resistant alga comprising a recombinant polynucleotide integrated into a genome of the alga, wherein the recombinant polynucleotide comprises a sequence encoding a 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase (EPSPS) that confers glyphosate resistance to the alga.

300 . The alga of claim 299 wherein the genome is a nuclear genome.

301 . The alga of claim 300 , wherein the recombinant polynucleotide is codon-biased to reflect the codon bias of the nuclear genome.

302 . The alga of claim 299 , wherein the genome is a chloroplast genome.

303 . The alga of claim 302 , wherein the recombinant polynucleotide is codon-biased to reflect the codon bias of the chloroplast genome.

304 . The alga of claim 299 , wherein the alga is prokaryotic.

305 . The alga of claim 299 , wherein the alga is eukaryotic.

306 . A method of making an herbicide resistant alga, comprising:

(a) transforming an alga with a polynucleotide wherein the polynucleotide comprises a nucleic acid sequence encoding a protein that confers herbicide resistance to the alga, wherein the nucleic acid sequences comprises:

(i) a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, or SEQ ID NO:98;

(ii) a nucleotide sequence homologous to SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, or SEQ ID NO:98; or

(iii) a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, or SEQ ID NO:98, comprising one or more mutations.

307 . The method of claim 306 , further comprising:

(b) growing the alga in the presence of the herbicide; and

(c) harvesting one or more biomolecules from the alga.